自由软件基金会主席Richard M. Stallman对Debian让Mono包含在默认安装内的决定表示了劝阻，认为任何一个使用C#的程序(Tomboy是用C#编写，运行需要开源.NET实现Mono)都会令社区处于危险之中。

RMS认为微软可能会用软件专利打击任何自由的C#实现，避免未来风险的预防措施就是远离它。他称问题与C#实现无关，而是Tomboy和其它使用C#编程的软件。如果不使用C#，问题便迎刃而解了，用C#便意味着的要冒不必要的风险。RMS表示不能让GNU/Linux发行版的默认安装中包括C#实现。

对于RMS的评论，Mono开发者Jo Shields写了一篇针锋相对的文章，解释为什么Mono不会威胁自由开源软件（FOSS），为什么它对开发者是可取的，为什么Ubuntu也应该默认安装它。此外，开源社区正在开发不依赖Mono的Tomboy C++实现Gnote，最终目的是取代Tomboy，从而让Gnome和GNU/Linux不依赖于Novell的.NET实现。

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